Nascido a 01 de Dezembro de 1974, em Lisboa, o antigo futebolista nunca escondeu a sua paixão pelo Sporting, clube do qual é associado, embora nunca tenha alinhado pelo clube de Alvalade.

Começou a carreira no Oriental (1993 a 1995), passando depois para o Machico, na Madeira, clube que disputava igualmente a então denominada II Divisão B.

No final da época, rumou ao Nacional (também na II Divisão B) e, com apenas 22 anos e sem nunca ter representado qualquer clube das divisões superiores, foi surpreendentemente contratado pelo AS Mónaco, por intermédio do empresário Jorge Mendes.

Campeão francês (1999/2000), Francisco José Rodrigues da Costa começou a ser elogiado em Portugal e estreou-se na selecção “AA” pela mão de Humberto Coelho, a 14 de Outubro de 1998, em Bratislava, contra a Eslováquia (entrou aos 67 minutos para o lugar de Rui Costa).

Visto com desconfiança de início, acabou por totalizar 53 jogos pela principal selecção lusa, com participações no Euro2000 (Holanda/Bélgica), Euro2004 (Portugal) e Mundial2006 (Alemanha).

No Euro2000, apontou o golo da vitória sobre a Roménia (1-0), já nos descontos, que colocou Portugal nos quartos de final da competição (tinha entrado aos 87 minutos).

Ainda marcou mais um golo pela selecção lusa (contra a Inglaterra, num particular a 07 de Setembro de 2002, em Birmingham).

Depois de ter saltado para a ribalta ao serviço do Mónaco - conquistou igualmente uma Supertaça (1999/2000) -, Costinha chegou ao FC Porto em 2001/2002, tendo conquistado, em quatro épocas, uma Liga dos Campeões, uma Taça UEFA, uma Taça Intercontinental e ainda dois campeonatos, uma Taça de Portugal e duas Supertaças.

No ano da conquista da Liga dos Campeões, Costinha colocou o FC Porto nos quartos de final, ao apontar o golo, também já nos descontos, que permitiu à equipa então orientada por José Mourinho empatar em Old Trafford (1-1), com o Manchester United.

A estreia de Costinha no campeonato português aconteceu ao serviço do FC Porto e, curiosamente, em Alvalade: o médio defensivo perdeu o jogo (1-0) e foi expulso aos 37 minutos, por acumulação de cartões amarelos.

Depois de quatro anos ao melhor nível no FC Porto, o jogador foi transferido para o Dínamo de Moscovo, tendo sido suspenso por razões disciplinares na segunda época e posteriormente cedido ao Atlético de Madrid.

No clube espanhol, tal como já tinha acontecido na Rússia, Costinha não atingiu os patamares de outrora e foi transferido para os italianos do Atalanta.
Tinha contrato com os italianos até Junho de 2010, mas foi pouco utilizado, aparentemente por divergências com o treinador da equipa.

Reservado, Costinha é conhecido como o "Ministro" no mundo do futebol, pela sua paixão por roupas de estilistas famosos ou por carros de alta gama.