A época de futebol 2012/13 vai ser de transição rumo à extinção do campeonato nacional da III divisão e à reformulação da II divisão, que será transformada no Campeonato Nacional, a ser disputado por 80 equipas.

O campeonato nacional da II divisão vai ser disputado pelas mesmas 48 equipas, sendo que sobem à Liga de Honra os vencedores de cada uma das três séries de 16 equipas – esta temporada subiam apenas duas equipas.

No lado de baixo da classificação, descem diretamente aos distritais os dois últimos de cada série (norte, centro e sul), num total de seis.

O campeonato nacional da III divisão será disputado por 94 equipas distribuídas por oito séries, sendo que sobem os dois primeiros de cada uma das seis do continente e da Madeira, enquanto dos Açores apenas sobe o vencedor.

Para os distritais caem 76 clubes, ou seja, do terceiro ao 12.º nas seis séries do continente, do segundo ao 12.º da série Madeira e do segundo ao 10.º nos Açores.

Paralelamente, ficam apurados a disputar a Taça de Portugal 2013/14 26 clubes, entre os quais os terceiro e quartos da fase de subida das séries do continente, num total de 12.

Os primeiros e segundos da fase de descida/manutenção das séries do continente (12), o terceiro classificado da fase de subida da Madeira (1) e o segundo na série dos Açores (1) também disputarão a prova.