Thomson apitou pela primeira vez uma equipa portuguesa ao dirigir a seleção de sub-21 na vitória frente à Polónia por 2-0, na qualificação para o Euro2007 da categoria.
A seleção nacional entrou da pior maneira neste Euro2012. Bastou um golo da Alemanha, num cabeceamento de Mario Gomez, para selar a derrota portuguesa, num jogo do Grupo B.
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