O Benfica começou a temporada com uma linha defensiva onde imperava a experiência de jogadores mais veteranos como Júlio César, Luisão ou Eliseu, e terminou a época com um quarteto defensivo constituído por uma dupla de centrais renovada e um guarda-redes de apenas 22 anos.

Com um total de 22 golos sofridos ao longo de 34 jogos, o Benfica terminou a época 2015/2016 com a segunda defesa menos batida do campeonato atrás do Sporting que terminou a temporada com 21 golos sofridos.

Na primeira equipa titular de Rui Vitória no campeonato nacional, o Benfica recebeu o Estoril-Praia na Luz com Júlio César na baliza, Luisão e Lisandro López no centro da defesa, Nélson Semedo a lateral direito e Eliseu a lateral esquerdo. Este quarteto defensivo apresentou a irreverência do jovem Nélson Semedo, que com um golo aos 89 minutos e uma exibição de grande maturidade prometia dar que falar ao longo da temporada.

Apesar do triunfo por 4-0 na jornada inaugural, a equipa do Benfica apresentou alguns sinais de insegurança defensiva nos jogos seguintes, e no final da oitava jornada já contava com três derrotas e sete golos sofridos.

Com sete golos sofridos em oito jogos, a equipa do Benfica parecia estar fora da corrida ao título com uma desvantagem de oito pontos para o líder Sporting, embora a equipa de Rui Vitória tivesse um jogo em atraso.

No entanto, os 'bicampeões' nacionais conseguiram reagir ao mau momento da temporada e construir um ciclo de cinco vitória consecutivas, onde foram marcados 15 golos e sofridos apenas dois. O técnico encarnado foi ainda obrigado a fazer alterações na defesa encarnada com a lesão do capitão Luisão em Alvalade, no jogo para a Taça de Portugal, mas a entrada de Lisandro López garantiu alguma estabilidade defensiva.

A 15 de dezembro, o ciclo vitorioso do Benfica seria interrompido com o empate com o União da Madeira a 0-0 no jogo em atraso da sétima jornada. Depois da viagem à Madeira, a equipa de Rui Vitória entrou num novo ciclo vitorioso, mas acabaria por perder Lisandro López na deslocação a Moreira de Cónegos na 20ª jornada. Para o lugar do defesa central argentino, e perante a lesão de Luisão, Rui Vitória foi obrigado a lançar na equipa o sueco Victor Lindelöf e, mais uma vez, voltou a ganhar a aposta na formação. O jovem defesa central sueco mostrou grande maturidade na equipa principal e acabaria mesmo por terminar a época a titular apesar da derrota com o FC Porto na 22ª jornada, que fechou uma série de oito jogos consecutivos a vencer.

À 23ª jornada, o Benfica regressou às vitórias para o campeonato em Paços de Ferreira, mas saiu da Mata Real com um total de 17 golos sofridos. Victor Lindelöf estreou-se a marcar pela equipa principal no triunfo sobre o Paços de Ferreira por 3-1, mas a equipa do Benfica voltaria a ter uma baixa de peso na reta final do campeonato com a lesão de Júlio César na véspera da deslocação a Alvalade à 25ª jornada.

E no dérbi que acabaria por marcar a subida do Benfica à liderança do campeonato, Rui Vitória apresentou uma equipa em Alvalade com muitas alterações na defesa, a começar desde logo com a estreia de Ederson na baliza. O guarda-redes brasileiro de apenas 22 anos entrou para o lugar do lesionado Júlio César, e acabou por ser determinante na conquista dos três pontos ao Sporting. Para além do jovem guardião brasileiro, o técnico do Benfica apostou ainda na dupla de centrais constituída por Jardel e Victor Lindelöf, com André Almeida e Eliseu nas alas.

Até ao final do campeonato o Benfica segurou a liderança conquistada em Alvalade sofrendo apenas cinco golos nos últimos nove jogos com uma linha defensiva constituída por Ederson, André Almeida, Victor Lindelöf, Jardel, e Eliseu. Com um total de 36 cartões amarelos no seu sector defensivo, o Benfica conseguiu terminar a prova com apenas um cartão vermelho por duplo amarelo e que determinou a expulsão de André Almeida no jogo com o Vitória de Guimarães.

Ao final de 34 jornadas, o Benfica de Rui Vitória deu sinais de uma grande consistência defensiva, e apesar das contrariedades nas lesões de Luisão, Lisandro López ou Júlio César os 'encarnados' conseguiram encontrar substitutos à altura na formação, não só para o imediato, mas sim para o futuro.