Com 25 anos, 1,80 metros de estatura e 80 kg de peso, Zapater reforça a linha média do Sporting, em especial a posição mais recuada, ele que até começou por ser um criativo que acabaria por se fixar em posições mais defensivas.

Em 2004, Zapater jogava ainda a médio ofensivo, com o número 10 nas costas, e os 12 golos na categoria de juniores do Saragoça fizeram com que o técnico Victor Muñoz chamasse o futebolista à primeira equipa.

O futebolista passou quatro épocas na formação do Saragoça, como juvenil e júnior, onde tinha chegado proveniente do clube da sua terra natal, o SD Ejea, equipa de Ejea de los Caballeros.

No plantel principal do Saragoça, Zapater foi desde logo uma aposta na estreia, na supertaça espanhola, frente ao Valência, e ganhou a titularidade, chegando a participar também durante essa época na antiga Taça UEFA.

Neste mesmo período, o médio foi internacional sub-20 por Espanha e no Saragoça começou a ter presença cada vez mais influente, até chegar a sub-capitão em 2007/2008 e capitão em 2008/09, já a jogar mais recuado no terreno, como médio defensivo.

Em 2009 o jogador foi contratado pelos italianos do Génova, por quatro milhões de euros, quando já se encontrava no estágio de pré-época da equipa espanhola.

No Génova, Zapater estreou-se na Série A frente à AS Roma, num jogo em que assistiu de cabeça para o primeiro golo da sua equipa, marcou o segundo e iniciou a jogada do terceiro (3-2), prometendo muito nesse primeiro jogo.

A época em Itália terminou para Zapater com um saldo de três golos na Série A, em 28 jogos, enquanto que na Liga Europa, marcou um golo em cinco jogos.