Rui Encarnação, de 24 anos, fez toda a sua formação no Nacional. Em 2017/18 ingressou no Câmara de Lobos, seguindo-se na temporada seguinte os sub-23 do Marítimo.

Em 2019/20 representou outra formação insular, a AD Machico. Regressou ao clube onde fez a sua formação em 2020/2021, indo assim para a sua terceira temporada consecutiva no clube que será orientado por Filipe Cândido.

Na época passada atuou em duas ocasiões pelo Nacional, uma para a II Liga e outra para a Taça de Portugal.

Rui Encarnação junta-se assim a Lucas França e Daniel Guimarães no lote de nomes confirmados para a baliza do clube insular para a próxima época.