Panucci fez a sua carreira quase inteiramente em Itália ao serviço de clubes como o Génvoa, AC Milan, Inter Milan, Roma e Parma.

No entanto, as incursões que fez pelo estrangeiro também foram coroadas de êxito. A sua passagem pelo Real Madrid onde ganhou uma Liga dos Campeões (1997/98). Panucci passou ainda pelo Chelsea e pelo Mónaco.

Apesar dos convites para prosseguir a carreira nos Estados Unidos da América, o jogador italiano decidiu pendurar as chuteiras.